Շուշի քաղաքի տարածքում պեղումների ժամանակ հայտնաբերված խեցեղենի և կավե տարբեր առարկաները վկայում են, որ մ.թ.ա. XIV-XIII դարերում այստեղ եղել է բերդաքաղաք: Քաղաքն ունեցել է պաշտպանական նշանակություն, որի շուրջ հետագայում կառուցվել է բերդապարիսպ: Շրջակայքում հայտնաբերվել են հնագույն գերեզմանոցներ, ավանդական հայկական խաչքարեր:

Որոշ ուսումնասիրողների կարծիքով Շուշի անունը ծագում է նրանից արևելք գտնվող Շոշ գյուղից: Ոմանց կարծիքով Շուշի անվանումը առաջացել է «շոշ» բառից։ Արցախյան բարբառում երիտասարդ ծառերը կոչվում են նաև շոշ, իսկ դրանց պուրակը՝ շոշոտ: Շուշի տեղանվանումը ըստ երևությին տեղանքը բնութագրող անվանում է։ Քանի որ քաղաքը գտնվում է ժայռի գագաթին, որն էլ կարող է ընկած լինել քաղաքանվան հիմքում։ Նկատենք, որ միջնադարում Շուշի տեղանունը հիշատակվում է հենց Շուշու ձևով. 1428 թվականին ընդօրինակված ավետարանի նույն տարում գրված հիշատակարանում «…ի յաշխարհիս Աղուանից, ի վիճակս Ամարասայ, ի գեղա Շուշու կոչեցեալ…»

Շուշին տարբեր ժամանակներում հիշատակվել է Քարի գլուխ, Քարագլխի բերդ, Քար, Քարագլխի սղնախ, հաճախ նաև Շոշի բերդ, Շոշի, Ղալա, Շոշի ղալա անուններով։

Հին ժամանակներում անհասանելի գտնվելու պատճառով Շուշի քաղաքը պաշտպանիչ կառույց էր ծառայում Վարանդայի նահանգի հայ բնակիչների համար: Հետագայում տարածքը պարսպապատվեց, և ստեղծվեց ամրոցը: Ամրոցի մեծ մասը պահպանվել է:

Շուշիի հին բնակավայր լինելու մասին վկայում է 1428 թվականին Տեր-Մանվելի ստեղծած Ավետարանը, որտեղ նշված է, որ «արդ գրեցավ աստուածագիծ սուրբ Աւետարանս ձեռամբ ոգնամեղ և ապիկար գրչի տէր Մանաւելի,ի թւականութեանս Հայոց ՊՀԷ , ի յաշխարհիս աղուանից, ի վիճակս Ամարասայ, ի գեղս Շուշու կոչեցեալ, ընդ հովանեաւ Սուրբ Աստուածածնիս, ի կաթողիկոսութեան տէր Յոհանիսի… »: Հաջորդ վկայությունը նույն եկեղեցու գրչատանը կատարվելէ 1575 թվականին, որտեղ ասվում է «կատարեցի …զմաքրափայլ Աւետարանս ի փառս նմանե գաւառս Վարնթոյ, ի գեղս ւոր կոչի Շուշոյ…Ընդ հովանեաւ սուրբ Աստուածածին։ Գրեցաւ ի թվականութեանս ՌԻԴ»: 

ՀՀ-ում և ԼՂՀ-ում մայիսի 9-ը պաշտոնապես հայտարարված է «Շուշիի ազատագրման և հաղթանակի» օր։ Այժմ Շուշին հայտարարվում է պատմամշակութային արգելոց, անցկացվում են վերակառուցողական աշխատանքներ:

Մայիսի 8-ին առաջինը բերդաքաղաք մտած հայկական Տ-72 տանկը, այժմ Շուշիի ազատագրման հուշարձանն է հանդիսանում:

1820-ական թվականներին Շուշին դարձավ արևելահայոց և ողջ կովկասյան տարածաշրջանի մշակութային խոշոր կենտրոններից մեկը, ուր լայն թափ ստացավ կրթական-մշակութային կյանքը։ 19-րդ դարում Շուշին Անդրկովկասի առաջատար քաղաքներից մեկն էր, որը մրցում էր ոչ միայն Թիֆլիսի, այլ նաև որոշ հարցերում արտատարածաշրջանային կենտրոնների հետ:  Քաղաքում գործում էին հինգ խմբագրություն: Գլխավոր ճարտարապետական հուշարձան է համարվում քաղաքային հրապարակում կառուցված Սուրբ Ամենափրկիչ Ղազանչեցոց եկեղեցին: Ամբողջ մեկ դար տևած մշակութային աննախադեպ վերելքն ընդհատվեց 1920 թվականի հայերի ֆիզիկական և մշակութային ցեղասպանությամբ։

Մխիթարաշենի դղյակի հենապատերից

Շուշիի հիմնադրման, ամրոցաշինության, այդ հին բնակավայրի կառուցապատման և նրա հուշարձանների էթնիկ պատկանելիությունը ուսումնասիրող հետազոտողները, մինչև Շուշիի ազատագրումը, ստիպված էին առավելապես բավարարվել 18-19-րդ դարերի հեղինակների կեղծած և մուսուլմանամետ գրավոր աղբյուրներով։ Միայն Ադրբեջանի գաղութային լծից ազատագրվելուց հետո, Շուշիի հնագիտական, վիմագրական, տեղագրական բնույթի բազմաթիվ աղբյուրներ մատչելի են դարձել լուրջ և օբյեկտիվ ուսումնասիրությունների համար։ Այժմ Շուշիի և նրա շրջակայքի հնագիտական հուշարձանների ցուցակը ներառում են մոտ 200 հուշարձանների անվանում, այդ թվում.

• Պալեոլիթյան մեկ կայան (մ.թ.ա. 2 միլիոն-10 հազար տարի)
• Մեկ կիկլոպյան ամրոց (մ.թ.ա.1-ին հազարամյակ)
• Հին դամբարանադաշտեր (մ.թ.ա.1-ին հազարամյակ)
• Երկու անտիկ և վաղ քրիստոնեկան
• դամբարանադաշտեր (մ.թ.ա. 3-րդ դ. մինչև մ.թ. 4-րդ դար)
• Վեց միջնադարյան գյուղատեղիներ (5-րդ դ. մինչև 13-րդ դար)
• Մոտ 40 խաչքար

Հարամ Ջրի տարածքում գտնաված ևս մի խաչքար, որը 12-13-րդ դարերի գործ է